На мой взгляд письмо - есть послание президента госаппарату. Самые важные строки послания вот они:

"...Но при формировании новой судебной власти недопустимы скачки и кампанейщина, равно как и болтовня о том, что сама система сгнила и проще набрать новый судебный и правоохранительный корпус, чем изменить их. У нас нет «новых» судей, как нет  «новых» прокуроров, милиционеров, сотрудников спецслужб, чиновников, бизнесменов и т. д. Нужно создать нормальные условия работы для действующего правоохранительного корпуса, решительно избавляясь от проходимцев."

Аппарату заявлено, что тотальной смены не будет. Вопрос в том, а зачем именно Медведеву такое заявлять? Отчего возникает необходимость успокаивать госаппарат относительно перспективы его тотальной смены? Откуда вообще такая идея у госаппарата? Что должно произойти, чтобы она возникла? Причем именно спецслужб, правоохранителей - т.е. тех страт госаппарата, что сформированы предыдущим президентом.

Один ответ в возможном переходе реальной власти к Медведеву - и он успокаивает будущих подчиненных стандартным "при мне все будет как при батюшке".

Другой ответ, возможно лежит в том, что аппарат не должен принять свой счет проблемы, которые возникнут в недалеком будущем у одного крупного конкретного чиновника и - видимо - у его окружению.

Т.е. госаппарату заранее заявляют - это как дело Юкоса - исключительный случай, на вас не распостранится. Но и стращают понемного его и бизнес (что опять-таки можно рассматривать в ракурсе обоих предположений):

"...Нашей работе будут пытаться мешать. Влиятельные группы продажных чиновников и ничего не предпринимающих «предпринимателей». Они хорошо устроились. У них «все есть». Их все устраивает. Они собираются до скончания века выжимать доходы из остатков советской промышленности и разбазаривать природные богатства, принадлежащие всем нам. Они не создают ничего нового, не хотят развития и боятся его."

http://rusanalit.livejournal.com/795439.html