Героическое сопротивление Красной Армии и советского народа срывало планы как гитлеровского, так и японского руководства. Во второй половине июля, когда подготовка Японии к нападению на СССР осуществлялась полным ходом, среди японского генералитета появились первые признаки сомнений в успехе германского блицкрига. 16 июля 1941 года в «Секретном дневнике войны» императорской ставки, в котором оценивались события и обстановка на фронтах Второй мировой войны, была сделана запись: «На советско-германском фронте не отмечается активных действий, тихо». Затем, 21 июля: «В развитии обстановки на германо-советском фронте нет определённости. Похоже на не прекращающийся несколько дней токийский дождь». Не оправдывались и надежды на «развал СССР». 22 июля 1941 года японские генералы вынуждены были признать в «Секретном дневнике войны»: «С начала войны прошёл ровно месяц. Хотя операции германской армии продолжаются, сталинский режим, вопреки ожиданиям, оказался прочным».

Японские стратеги стали серьёзнее анализировать перспективы Германии в войне против СССР. «Театр военных действий в России – огромен, и его нельзя сравнивать с Фландрией. Равнинный характер театра войны в России хотя и даёт возможность быстрого продвижения для Германии, но с другой стороны, он способствует правильному отступлению, на что и рассчитывает СССР. Ликвидировать советские войска в этом случае будет не так-то легко. Партизанская война также значительно усиливает обороноспособность СССР».

29 июля в «Секретном дневнике войны» было записано: «На советско-германском фронте по-прежнему без изменений. Наступит ли в этом году момент вооружённого разрешения северной проблемы? Не совершил ли Гитлер серьёзную ошибку? Последующие 10 дней войны должны определить историю». Имелось в виду время, оставшееся до запланированного срока принятия Японией решения о нападении на Советский Союз – 10 августа 1941 года. Само же нападение должно было состояться 29 августа 1941 года.

 К началу августа разведуправлением генштаба был подготовлен и представлен руководству военного министерства документ под названием «Оценка нынешней обстановки в Советском Союзе». Хотя составители документа продолжали верить в конечную победу Германии, они не могли не считаться с реальной действительностью. В главном выводе доклада указывалось: «Даже если Красная Армия в этом году оставит Москву, она не капитулирует. Намерение Германии быстро завершить решающее сражение не осуществится. Дальнейшее развитие войны не будет выгодным для германской стороны». Комментируя содержание этого вывода, японские исследователи указывают: «В начале августа 5-й отдел разведуправления пришёл к выводу, что в течение 1941 года германская армия не сможет покорить Советский Союз, да и на будущий год перспективы для Германии не самые лучшие. Все говорило о том, что война затянется».

В обстановке провала германского плана «молниеносной войны» правящие круги Японии решили на время вернуться к отброшенному пакту о нейтралитете с Советским Союзом и дожидаться «благоприятного момента» под его прикрытием. При этом продолжались попытки шантажировать советское правительство угрозой его разрыва в случае сближения СССР с США.

В представленном 4 августа японским МИД документе «Основные принципы дипломатических переговоров с Советским Союзом» было высказано мнение, что германо-советская война будет длительной. Начальник генерального штаба и военный министр опровергли его, заявив: «Это вовсе не обязательно. Тот факт, что в настоящее время в вооружённой борьбе на германо-советском фронте нет должного продвижения вперёд, играет на руку немцам… Весьма вероятно, что война закончится быстрой победой Германии. Советам будет чрезвычайно трудно затягивать войну. Утверждение о том, что германо-советская война затягивается, является поспешным заключением».

Хотя политики продолжали ждать «созревания хурмы», военные не желали упускать «золотую возможность» обрушиться совместно с Германией на Советский Союз и сокрушить его. Особое нетерпение проявляло командование Квантунской армии. Её командующий генерал Умэдзу Ёсидзиро убеждал центр: «Благоприятный момент обязательно наступит… Именно сейчас представился редчайший случай, который бывает раз в тысячу лет, для осуществления политики государства в отношении Советского Союза. Необходимо ухватиться за это… Если будет приказ начать боевые действия, хотелось бы, чтобы руководство операциями было предоставлено Квантунской армии… Ещё раз повторяю, что главным является не упустить момент для осуществления политики государства».

Командование Квантунской армии, не желая считаться с реальным положением, требовало от центра немедленного выступления. Начальник штаба Квантунской армии генерал-лейтенант Ёсимото Тэйити склонял начальника оперативного управления генштаба Танака Синъити к незамедлительным действиям: «Начало германо-советской войны является ниспосланной нам свыше возможностью разрешить северную проблему. Нужно отбросить теорию «спелой хурмы» и самим создать благоприятный момент… Даже если подготовка недостаточна, выступив этой осенью, можно рассчитывать на успех».

В Японии рассчитывали, что в критический для Советского Союза момент войны против Германии советское руководство будет вынуждено перебросить большую часть дислоцированных на востоке страны войск на запад. В этом случае задача японской армии должна была состоять в осуществлении операций против оставшихся регулярных войск и партизан и занятии предназначенных к оккупации советских территорий. Расчёт строился на том, что после победы Германии Гитлеру будет трудно «переварить» всю территорию Советского Союза и он не сможет воспрепятствовать оккупации Японией советского Дальнего Востока и Восточной Сибири даже в случае, если японская оккупация произойдёт после поражения Красной Армии на западе. 

Однако масштабы переброски советских войск в европейскую часть СССР летом 1941 года не оправдывали ожидания японского командования. По данным разведуправления японского генштаба от 12 июля 1941 года, за три недели после начала германо-советской войны с Дальнего Востока на запад было переброшено лишь 17% советских дивизий, а механизированных частей – около одной трети. При этом японская военная разведка сообщала, что взамен убывающих войск Красная Армия восполняется за счёт призыва среди местного населения. Обращалось особое внимание на то, что перебрасываются на запад в основном войска Забайкальского военного округа, а на восточном и северном направлениях группировка советских войск практически остаётся прежней.

Сдерживающее воздействие на решение о начале войны оказывало сохранение на Дальнем Востоке большого количества советской военной авиации. К середине июля японский генеральный штаб имел сведения о том, что на запад переброшено лишь 30 советских авиационных эскадрилий. Особое беспокойство вызывало наличие в восточных районах СССР самолётов бомбардировочной авиации. Считалось, что в случае нападения Японии на Советский Союз создавалась реальная опасность массированных авиационных бомбовых ударов по городам Японии. Генеральный штаб располагал разведданными о наличии в 1941 году на советском Дальнем Востоке 60 тяжёлых бомбардировщиков, 80 бомбардировщиков дальнего действия, 330 лёгких бомбардировщиков, 450 истребителей, 60 штурмовиков и 200 самолётов морской авиации. В докладе начальника отдела императорской ставки по проблемам обороны метрополии от 26 июля указывалось: «В случае войны с СССР в результате нескольких бомбовых ударов в ночное время десятью, а в дневное – двадцатью-тридцатью самолётами Токио может быть превращён в пепелище».

Японское командование не могло не учитывать и советский опыт материального снабжения войск. Начальник оперативного управления генштаба Танака заявил на Токийском процессе: «Исходя из того факта, что в русско-финляндскую войну зимой 1939 года русская армия проводила операции, поддерживая линию коммуникаций протяжённостью более 200 км при температуре 50 градусов ниже нуля, а также исходя из эффективности русского снабжения во время номонханского (халхингольского) инцидента, нельзя было недооценивать способности армии Советского Союза снабжать операции».

Советские войска на Дальнем Востоке и в Сибири оставались грозной силой, способной дать решительный отпор японским войскам. Японское командование помнило сокрушительное поражение на Халхин-Голе, когда императорская армия на собственном опыте испытала военную мощь Советского Союза. Германский посол в Токио Й. Отт доносил в Берлин, что на решение Японии о вступлении в войну против СССР оказывают влияние «воспоминания о номонханских событиях, которые до сих пор живы в памяти Квантунской армии».

В Токио понимали, что одно дело – нанести удар в спину терпящему поражение противнику, и совсем другое – вступить в сражение с подготовленной к современной войне регулярной армией такого мощного государства, как Советский Союз. Оценивая группировку советских войск на Дальнем Востоке, газета «Хоти» подчёркивала в номере от 29 сентября 1941 года: «Эти войска остаются совершенно безупречными как в смысле обеспечения их новейшим вооружением, так и в смысле великолепной подготовки». 4 сентября 1941 года другая газета, «Мияко», писала: «Дело ещё не дошло до фатального удара по армии Советского Союза. Поэтому нельзя считать безосновательным вывод о том, что Советский Союз – силён».

Обещание Гитлера захватить Москву с задержкой лишь на три недели осталось невыполненным, что не позволяло японскому руководству начать в запланированные сроки военные действия против Советского Союза. Накануне намеченной даты начала войны, 28 августа в «Секретный дневник войны» была внесена полная пессимизма запись: «Даже Гитлер ошибается в оценке Советского Союза. Поэтому что уж говорить о нашем разведуправлении. Война Германии продолжится до конца года… Каково же будущее империи? Перспективы мрачные. Поистине, будущее не угадаешь…»

К началу сентября высшее военно-политическое руководство Японии пришло к выводу о невозможности быстрой и эффективной войны против СССР в течение 1941 года. Имея опыт интервенции против Советской России в 1918–1922 годах, когда не подготовленные к ведению войны, особенно в сложных условиях сибирской зимы, японские войска несли большие потери и не могли проводить крупные наступательные операции, командование японской армии во всех планах и вооружённых провокациях исходило из необходимости избегать военных действий против СССР зимой. Начальник генерального штаба Сугияма Хадзимэ признавал, что «военные операции крупного масштаба на севере в условиях зимы очень затруднительны».