Ученые отмечают важнейшую особенность реформаторской деятельности Хрущева – все преобразования государственных учреждений он тесно связывал с постановкой перед реформируемыми органами конкретных практических задач. Так, 6-й пятилетний план на 1956– 1960 гг. первоначально сохранял прежние приоритеты: тяжелая промышленность и темпы роста, технический прогресс, а на последнем месте – потребление. Затем в феврале 1959 г. были утверждены контрольные цифры развития народного хозяйства СССР на 1959–1965 гг. По своим целям новый план означал разрыв с прошлым: на первом месте стояло сбалансированное народное хозяйство, «всестороннее развитие всех отраслей» и «непрерывное» повышение жизненного уровня народа. В связи с образованием совнархозов центр тяжести по составлению планов переносился в регионы. Резкой критике был подвергнут Госплан за косность, бюрократизм, отрыв от экономики регионов. За этими намерениями Хрущева ясно проглядывало стремление сделать сторонниками своих реформ все слои советского общества, чтобы можно было использовать всенародную поддержку как важнейшее средство борьбы с аппаратным бюрократическим засильем в системе управления. Стратегия, выбранная Хрущевым, полагают историки, могла увенчаться успехом только в случае полного выполнения намеченных планов, в первую очередь по подъему уровня жизни населения. Поэтому экономические трудности, переживаемые страной в начале 60-х гг., стали одной из главных причин, предопределивших падение реформатора. Не менее важным был и политический аспект хрущевских реформ. В современной литературе по-разному оцениваются причины конфликта Хрущева с партаппаратом, который в конечном счете привел к его отставке. Одни полагают, что пока Хрущев ставил все хозяйственные и советские органы, а также армию под власть партии, он пользовался в партии поддержкой. Однако партбюрократия, став полновластной хозяйкой, захотела сохранить «максимум власти при минимуме работы и ответственности». Поэтому Хрущев на втором этапе реформ был вынужден приступить к реорганизации самой партийной системы, которая сопровождалась очередной кампанией десталинизации. Особенно ярко десталинизация проявилась на XXII съезде партии. Съезд проголосовал за вынос тела И. В. Сталина из Мавзолея, и его захоронили у Кремлевской стены. Имя Сталина исчезло из названий учреждений и городов, был переименован даже Сталинград. В ноябре 1962 г. в журнале «Новый мир» была опубликована повесть А. И. Солженицына «Один день Ивана Денисовича», где изображена жизнь ГУЛАГа. Повесть имела огромный общественный резонанс. Однако, как справедливо подчеркивают историки, общественная оппозиция при Хрущеве «еще не выходила за рамки «коммунистического реформаторства». Другие историки корень зла и неудачи реформ видят в пороках советской системы, в частности, в отсутствии «гибких институтов», во «врожденном консерватизме плановой системы». Так, по их мнению, экономические проблемы пытались ре шить прежними административными методами, лишь переносили проблему на иной уровень, а не решали ее. Принятый на XXII съезде партии новый устав КПСС (октябрь 1961 г.) предусматривал систематическое обновление партийных органов: низшее звено, от первичных парторганизаций до райкомов включительно, на каждых выборах должно было обновляться наполовину, на республиканском и областном уровне – не менее чем на одну треть, а состав ЦК КПСС и Президиума ЦК должен был обновляться на одну четверть. Таким образом, неконтролируемые сталинские репрессии в отношении советской номенклатуры должна была заменить хрущевская ротация «по закону». Но Хрущев не остановился на этом. Ноябрьский пленум 1962 г. принял решение о перестройке партийного руководства народным хозяйством. На практике это означало, что парторганизации – начиная с областных и ниже – делились на промышленные и сельские, т. е. на территории одной области или края образовывались два обкома. Вместо единых Советов создавались промышленные и сельские Советы и их исполкомы. Ликвидировались самые многочисленные сельские райкомы партии, а управление сельским хозяйством передавалось территориальным производственным управлениям. Эти новации, отмечают историки, создали новые условия деятельности партаппарата. В первую очередь ротация кадров должна была затронуть среднее звено провинциальных руководителей, бывших до того основной опорой Хрущева в его борьбе с «антипартийной» группой Молотова, Маленкова, Кагановича. Принцип систематического обновления состава партии порождал неизбежный конфликт между аппаратом и первым секретарем, чей срок избрания «в силу признанного авторитета», согласно новому уставу, мог быть «длительным». Этот конфликт усугубился после решения о разделении некогда единой партийной иерархии на промышленную и сельскую. Данный шаг, по мнению партийной элиты, высказанному на октябрьском 1964 г. пленуме при отставке Хрущева, привел к «зависимости» промышленных обкомов от совнархозов, поскольку после своего укрупнения каждый совнархоз сосредоточил в своих руках «всю полноту хозяйственной власти» на территории не одной, а нескольких областей. Таким образом, совнархозы усиливали свое влияние на хозяйственную жизнь страны, в то время как обкомы его утрачивали. На смену власти министерской, против которой боролась партия, пришла совнархозовская власть, обладающая огромными материальными ресурсами. Вместе с этим укрепилась и возросла роль региональных элит, чье влияние в жизни страны стало рассматриваться как серьезная угроза центральной власти. Хрущевская перестройка партийных органов, по мнению участников октябрьского пленума, также противоречила «ленинскому требованию об идейном и организационном единстве партии и ведущей роли рабочего класса в государстве и социалистическом обществе».

Практически ни один из членов Президиума ЦК, выступавший на этом пленуме за отставку Хрущева, не обошел вниманием данный вопрос. Единодушным было и мнение выступающих, их оценка. Говорилось о «принижении роли парторганов», о том, что «жизнь не подтвердила» нововведений, которые привели к «неразберихе» и в результате произошло «невероятное переплетение, смешение функций, прав и обязанностей партийных, государственных и хозяйственных органов». Эта реакция партаппарата на хрущевские реформы не только отражала конфликт между представителями различных властных элит, но в первую очередь стремление партии вернуть себе утраченные позиции и выгодную роль простого «посредника» в экономическом производстве, который не несет прямой ответственности за неудачи. Хрущев заставил партийные органы заниматься несвойственными им задачами – принимать непосредственное участие в организации производства, однако без необходимой квалификации и желания трудно было рассчитывать на успех. Поэтому реформа, как отмечают многие экономисты, на практике привела к путанице в действующей системе управления, что отразилось на народном хозяйстве страны. Для хрущевских оппонентов по Президиуму ЦК партии срыв семилетки был одним из главных аргументов в пользу сворачивания реформ. Как было принято в советской политической практике, вина за все ошибки была возложена персонально на Хрущева, который в своем заключительном слове на октябрьском пленуме 1964 г. в следующих выражениях прокомментировал позицию своих коллег: «Собрались – и мажете говном, а я не могу возразить. Спасибо за работу, за критику». По мнению многих отечественных и зарубежных историков, именно разросшаяся КПСС, которая выражала интересы управленческой элиты, стала самым мощным препятствием на пути реформ. Другие историки считают, что происходившие в системе власти процессы носили более сложный характер. Они согласны с тем, что правящая бюрократия на пути к вершине своего могущества «свела реформы на нет», но саму партию считают лишь «правящим слугой» советской бюрократии. Эта бюрократия, по их мнению, представляла собой класс, главной целью которого являлась защита «собственных интересов». Ни на что иное она «не была способна», т. к. не имела серьезных лидеров, а была «идеологически бесплодна, деморализована и часто коррумпирована». Отечественный историк Р. Г. Пихоя выделяет две группы факторов, объясняющие причины отставки Н. С. Хрущева. Первые – объективные процессы в стране, подрывавшие влияние Хрущева как главы партии и государства. Это неспособность решить проблемы экономики, в первую очередь сельскохозяйственного производства. Вторые – личные отношения Хрущева с представителями партийной, военной и промышленной элиты страны. И все же, как и его западные коллеги, Пихоя убежден: именно партаппарат «отправил на покой» Хрущева, т. к. он не гарантировал этому аппарату «стабильность, преемственность, безнаказанность». За 1953–1964 гг. число коммунистов в СССР выросло с 6,9 до 11,8 млн человек (на 70 %). И хотя доля рабочих в партийной среде несколько увеличилась, однако к середине 60-х гг. она составляла только 37 %, а более 46 % составляли служащие.

По данным официальной статистики, в 1965 г. каждый десятый коммунист работал в органах государственного или хозяйственного управления, в аппарате партийных и общественных организаций. Уже хрущевские современники отмечали факт бюрократизации Советского государства, рост воровства и коррупции, захватывавший все слои «руководящих кадров», серьезные противоречия между официальной идеологией и действительностью, углублявшие пропасть между элитой и остальным населением. Так, известный экономист академик Е. С. Варга отмечал в своих дневниках, что на «место “рабочего государства” двадцатых годов пришло в шестидесятые годы государство бюрократии с Хрущевым в качестве диктатора во главе». Приведенное мнение не являлось чем-то исключительным для того времени, подобные мысли высказывались нередко, хотя, конечно, для «внутреннего пользования».